同一銘柄の株式を一般・特定の両口座に保有し、一般口座の売却のみを確定申告する場合、特定口座における取得価額は考慮する必要がありますか？

一般口座内のものと、特定口座内のものは、それぞれ別の銘柄として計算します。したがって、あえて特定口座を申告する必要がないのであれば、一般口座分のみを考慮して確定申告することとなります。