相続で取得した上場株式（一般口座）を譲渡する際に、取得費が不明であれば譲渡対価×5％が取得費になりますか？

はい、その通りです。相続した株式の取得費は、被相続人の取得費を引き継ぐことになりますので、被相続人の取得費がわからない場合には、概算取得費として譲渡対価×5%で計算することとなります。